Sousuke, un niño de cinco años, se encuentra, cuando juega en la playa, una pececita de colores, a la que después llama Ponyo, con la cabeza atascada en un tarro de mermelada. Sosuke la rescata y le dice: "No te preocupes, yo te protegeré y cuidaré de ti". Sin embargo, el padre de Ponyo, un hechicero que vive en lo más profundo del océano, la obliga a regresar con él a las profundidades del mar. "¡Quiero ser humana!", exclama Ponyo y, decidida a convertirse en una niña y regresar con Sosuke, escapa. Pero no va a ser fácil reunirse con Sosuke.
Durante un proyecto semanal, el profesor Rainer Wenger enseña a los estudiantes de su clase el tema de la autocracia como forma de gobierno. Los estudiantes se muestran escépticos ante la idea de que pudiera volver una dictadura como la del Tercer Reich en la Alemania de nuestros días y que ya no hay peligro de que el nacionalsocialismo vuelva a hacerse con el poder, porque a pesar de haber pasado decadas, las nuevas politicas y tecnologias arbitrarian el preceso de un mandato nuevo autocratico. El profesor decide empezar un experimento con sus alumnos para demostrar lo fácil que es manipular a las masas. Haciendo que cada día los alumnos siguieran una regla nueva. El fanatismo por la forma de cómo se ejecutaban esas clases creció, haciendo que gente de otros cursos se cambiaran de aulas hasta ser un curso numeroso. El popular curso se decidio llamar la "ola", y a medida que pasaban los días, "la ola" comenzaba a hacerce notar mediante actos de vandalismo, todo a espaldas del profesor Wenger. Ahi es donde la trama de la pelicula se desarrolla.